2006年9月にWBとUPNが合併してCWという局になり、そこでメイン扱いのドラマとして放送継続です。
ゾッド将軍はクラークの巧みな作戦で再び閉じ込められますが、他の脱走者と「ファントム」という存在が地球に入り込みました。
レックスとクラークの友情は完全に破綻しました。
クロエと以前付き合っていた(シーズン1のあとの夏休みに彼女がデイリープラネットで働いた時)ジミー・オルセンが登場、交際が再開されます。ジミー役はアーロン・アシュモア、ショーン・アシュモアの双子の兄弟です。ちなみにショーン・アシュモアもシーズン1「パワー喪失」とシーズン3「親友の記憶」でエリック・サマーズ役で登場しています
DCコミックのキャラクター「グリーン・アロウ」や「マーシャン・マンハンター」が登場。グリーン・アロウ役には、シーズン5終了前後にSMALLVILLE製作スタッフによってパイロット版が製作されたアクアマンこと「Mercy Reef」の主役を演じたジャスティン・ハートレイが起用されました。残念なことにマーシー・リーフは局の合併騒動に巻き込まれ、放送されませんでしたがアメリカのiTunesで購入できるようになり、一時はドラマのトップセールスに入っていました。
ラナが妊娠、レックスと結婚しますがその妊娠にはある秘密が隠されていました。
クロエの母親が登場、彼女はスモールビルへの最初の隕石襲来時に被害にあい特殊能力者となっていたのでした。クロエも実はクリプトナイトの影響を受けていたことがわかり、のちにその能力がある大きな出来事で発動します。
レックスの33.1計画は人間を兵器化する研究へと進んでいました。